O Programa de Alimentação Escolar (PAE) da cidade de São Paulo surgiu em 1935 com o início da criação dos Parques Infantis. Naquela época se restringia a fornecer apenas “um copo de leite”.

Na década de 50, a PMSP começou atuar no âmbito do Ensino Primário e, com o intuito de nivelar o atendimento dentro das Unidades Escolares, criou-se a “Caixa de Assistência Escolar”, com finalidades, dentre outras, de fornecer alimentos com objetivos assistenciais. Embora de forma rudimentar, deu-se assim o início da preocupação com a alimentação na escola.

Neste período, registram-se o fornecimento da “Sopa Escolar” preparada nas escolas com grandes dificuldades.

Nos anos 60, as escolas forneciam uma merenda preparada com alimentos enviados pelo Governo Americano, através da “Campanha Nacional da Merenda Escolar”, com a oferta de leite em pó desnatado, margarina, cereais (aveia e trigo) e soja. A “Caixa Escolar” complementava a alimentação para melhorar principalmente a aceitabilidade, uma vez que estes alimentos não faziam parte dos hábitos alimentares dos alunos.
Constatada a importância de um atendimento global considerando o binômio Ensino x Saúde foi criado, em 1967, o Departamento de Assistência Escolar (Lei 7037) e a Divisão de Administração da Merenda Escolar.

Em 1971, este Departamento estabelece os objetivos nutricionais para os escolares com cardápios que deveriam fornecer 25% e 50% das necessidades nutricionais, conforme o período de permanência na escola de 4 e 8 horas respectivamente art.5º do Decreto nº 8552.

Dessa forma, aprimorou-se a idéia de “Saúde Escolar” compreendida como “melhores condições física, mental e alimentar da criança”.

No período de 1976 a 1979 foi instituído o PRONAN II, que ofereceu o primeiro modelo de uma política nacional, composto por programas de suplementação alimentar entre outras ações. A partir destas definições o PAE do Município de São Paulo passou a seguir os objetivos nutricionais para os pré-escolares e escolares com o fornecimento de alimentação supletiva que atendesse de 15 a 30 % das Recomendações Nutricionais Diárias para a criança que permanece 4 horas na escola.

Na década de 80, com a tendência nacional para o incentivo ao consumo da soja e com o avanço das industrias alimentícias direcionadas ao mercado institucional, os cardápios oferecidos passaram a apresentar preparações com alimentos de maior densidade calórica e protéica, porém sempre houve uma preocupação deste município em selecionar alimentos mais adequados.

O Programa de Alimentação Escolar acompanhou pari passu o crescimento constante da Rede Municipal de Ensino, e proporcionou aprimoramento dos programas com cardápios específicos evoluindo na infra-estrutura geral.

Dentro deste enfoque a Divisão de Administração da Merenda Escolar passou a atender as Creches e Centros de Juventude Municipais da Coordenadoria da Família e Bem Estar Social (Decreto17.159/81).

Em 1986 houve a criação da Coordenadoria de Alimentação e Suprimento (Decreto 22.743/86) com a Divisão de Administração da Merenda Escolar subordinada a Secretaria Municipal de Educação.

O atendimento foi estendido para Classes de Educação Infantil Conveniadas e, nos anos seguintes para: os Refeitórios da Administração Pública Municipal; aos Centros Esportivos da Secretaria Municipal de Esportes; Educação de Adultos, Creches e Centros da Juventude Conveniados; Hospitais e Prontos Socorros da Secretaria Municipal da Saúde.

Percebe-se então a expansão do Programa de Alimentação Escolar para um Programa de Alimentação Pública devido a magnitude deste atendimento e para tanto os cardápios passaram a ter maior especificidade e diversidade.

No final da década de 80, a Coordenadoria de Alimentação e Suprimento foi transferida para Secretaria Municipal de Abastecimento - SEMAB (Decreto 27.700/89) com um fornecimento diário de 1.100.000 refeições.

Em meados de 1990 foi instituído o Programa de Vitaminização da Merenda Escolar e alguns alimentos foram enriquecidos com nutrientes específicos.

Considerando o caráter supletivo do PAE, até então os cardápios das Escolas Municipais de Ensino Fundamental (EMEF) apresentavam preparações de lanches intercaladas com pratos salgados uma vez que as refeições salgadas possuíam maior aceitabilidade. Com relação às Escolas Municipais de Educação Infantil (EMEI) desde a década 70 o almoço já era fornecido.
Em 2001 a Coordenadoria de Alimentação e Suprimento foi extinta e, criou-se o Departamento de Alimentação e Suprimento da então, Secretaria Municipal de Abastecimento.

A partir deste ano, o fornecimento de refeições salgadas (almoço e jantar) passou a ser prioridade no atendimento aos alunos principalmente nos períodos equivalentes a estes horários. Com relação aos períodos intermediários, são fornecidos lanches, na maioria das escolas, respeitando o comportamento alimentar dos alunos.

Em 2005 a SEMAB foi extinta e suas ações passaram ser executadas em parte pela Secretaria Municipal de Gestão (outra parte foi para a Secretaria Municipal de Serviços) e criou-se o Departamento de Merenda Escolar (Decreto 46.220) com o fornecimento para aproximadamente  1.600.000 refeições/dia.

No início do ano de 2009 (Decreto 50.336), o Departamento de Merenda Escolar foi transferido para a Secretaria Municipal de Educação. Passa a atender agora, exclusivamente as Unidades Educacionais da Secretaria da Educação, fornecendo cerca de 1.800.000 refeições/dia.